Kamienny kościół przy klasztorze dominikanów wzniesiony został na miejscu cmentarnej kaplicy Najświętszej Panny Marii w latach 1653-1655 dzięki środkom Teofilii Sobieskiej, która ufundowała go w intencji swojego syna Marka Sobieskiego – brata polskiego króla Jana III Sobieskiego. Miało to być mauzoleum rodzinne. Później została w nim również pochowana Zofia Teofilia z Daniłowiczów Sobieska. Budowa kamiennego kościoła rozpoczęła się w roku 1751. 

Klasztor graniczył z murami obronnymi miasta. Na jego terenie pozostały resztki ogrodu klasztornego, fragmenty fundamentu dzwonnicy z roku 1873 oraz niewielkie fragmenty dawnych fortyfikacji miejskich Żółkwi. W latach 1903-1927 we wnętrzach kościoła wykonano polichromię autorstwa Karola Polityńskiego.  

Przed drugą wojną światową w świątyni znajdowała się cudowna ikona Matki Boskiej, która obecnie jest w jednym z kościołów w Warszawie. We wnętrzu świątyni do dziś zachowały się nagrobki Teofilii i Marka Sobieskich, które dzięki staraniom i środkom polskich przyjaciół zostały odnowione.   

Obecnie jest to świątynia św. Jozafata (należąca do Ukraińskiej Cerkwi Greckokatolickiej), natomiast w klasztorze mieści się administracja diecezjalna żółkiewsko-sokalska Ukraińskiej Cerkwi Greckokatolickiej.